世の中に科学という名の哲学が浸透する世の中になっても、魑魅魍魎、通称「天魔」の息づかいは絶えることがない。人知れず討魔に勤しむ者たち、「鎮守人（しずもり）」によって、平穏な日々は守られてきたのだ。辺境の地 、富士の裾野には「鎮守人」を養成する学園、天照館高等学校があった。

　その学校に通っていた伊波飛鳥たち鎮守人候補生と天魔の壮絶な戦いから
５年――。戦いの中心となった天照館高等学校と月詠学院高等部は平穏を取り戻し、互いに軽視しあっていた過去の確執は薄れつつあった。月詠学院も以前のような極限の精神修業や徹底した肉体鍛錬により異能者を育て上げることを目的とするのではなく、天照館よりの鎮守人育成政策も取り入れはじめ、積極的に交歓留学を行うなど新たな関係を築きつつあった。

　 そんな中、ひとりの交歓留学生、草凪八雲が天照館高等学校から月詠学院高等部へ移ってきた ところから物語は始まる。